مشاهده ژنومی: دانشمندان چگونه می‌دانند که کدام گونه‌های کووید در گردش هستند؟

[ad_1]

نوع omicron پس از اینکه اولین بار در اواخر نوامبر 2021 در آفریقای جنوبی گزارش شد، به سرعت بر چشم انداز جهانی کروناویروس تسخیر شد. ایالات متحده بیست و چهارمین کشوری شد که یک مورد عفونت omicron را گزارش کرد زمانی که مقامات بهداشتی در 1 دسامبر 2021 اعلام کردند که یک مورد جدید گزارش شده است. سویه در یک بیمار در کالیفرنیا یافت شد.

چگونه دانشمندان می دانند که چه نسخه هایی از ویروس کرونا وجود دارد؟ آنها چقدر سریع می توانند ببینند که کدام گونه های ویروسی وارد جمعیت می شوند؟

الکساندر ساندرمن و لی هریسون اپیدمیولوژیست هایی هستند که در حال مطالعه رویکردهای جدید برای تشخیص یک بیماری همه گیر هستند. در اینجا آنها توضیح می دهند که سیستم نظارت ژنومی ایالات متحده چگونه کار می کند و چرا مهم است که بدانیم کدام گونه های ویروس در گردش هستند.

مشاهده ژنومی چیست؟

نظارت ژنومیک یک سیستم هشدار اولیه برای SARS-CoV-2 فراهم می کند. همانطور که هشدار دود به آتش نشانان کمک می کند تا بدانند آتش در کجا رخ می دهد، نظارت ژنومی به مقامات بهداشت عمومی کمک می کند تا ببینند کدام گونه از ویروس کرونا در کجا ظاهر می شود.

آزمایشگاه‌ها ژنوم را در نمونه‌های کروناویروس که از آزمایش‌های COVID-19 بیماران گرفته شده بود، توالی‌یابی کردند. اینها آزمایشات PCR تشخیصی هستند که برای SARS-CoV-2 مثبت شده اند. سپس دانشمندان می توانند از روی ژنوم ویروس تشخیص دهند که کدام نوع از ویروس کرونا بیمار را آلوده کرده است.

با تعیین توالی ژنوم‌های کروناویروس کافی، دانشمندان می‌توانند تصویری از گونه‌های موجود در کل جمعیت بسازند. برخی از انواع دارای جهش های ژنتیکی هستند که برای پیشگیری و درمان COVID-19 مهم هستند. بنابراین نظارت ژنومی می تواند تصمیم گیری در مورد اقدامات متقابل صحیح – کمک به کنترل و خاموش کردن آتش قبل از گسترش آن را ارائه دهد.

به عنوان مثال، نوع omicron دارای جهش هایی است که عملکرد واکسن های موجود در برابر کووید-19 را کاهش می دهد. در پاسخ، افسران برای بهبود حفاظت، شات‌های تقویت‌کننده را توصیه کردند. به طور مشابه، جهش در omicron اثربخشی برخی از آنتی بادی های مونوکلونال را کاهش می دهد که هم برای پیشگیری و هم برای درمان COVID-19 در بیماران پرخطر استفاده می شود. دانستن اینکه کدام انواع در گردش هستند در تعیین اینکه کدام آنتی بادی های مونوکلونال احتمالا موثر هستند بسیار مهم است.

مشاهده ژنومی در ایالات متحده چگونه کار می کند؟

مرکز کنترل و پیشگیری از بیماری‌های ایالات متحده کنسرسیومی به نام سیستم نظارت ملی SARS-CoV-2 (NS3) را اداره می‌کند. حدود 750 نمونه SARS-CoV-2 مثبت در هفته از آزمایشگاه‌های بهداشت عمومی دولتی در ایالات متحده جمع‌آوری می‌کند. علیرغم تلاش‌های CDC، آزمایشگاه‌های تجاری، دانشگاهی و بهداشتی در حال ترتیب دادن نمونه‌های اضافی هستند.

هر نوع آزمایشگاهی نقاط قوت خود را در مشاهده ژنومی دارد. آزمایشگاه های تجاری می توانند به سرعت تعداد زیادی آزمایش را ترتیب دهند. شرکای دانشگاهی می توانند تجربه تحقیقاتی را ارائه دهند. و آزمایشگاه های بهداشت عمومی می توانند ایده ای از پویایی محلی انتقال و شیوع بیماری ارائه دهند.

صرف نظر از منبع، داده های توالی معمولاً در دسترس عموم هستند و بنابراین به مشاهدات ژنومی کمک می کنند.

چه داده هایی ردیابی می شوند؟

زمانی که آزمایشگاهی ژنوم SARS-CoV-2 را توالی یابی می کند، نتایج را در یک پایگاه داده عمومی بارگذاری می کند که شامل زمان و مکان نمونه برداری از ویروس کرونا است.

ابتکار جهانی دسترسی آزاد برای به اشتراک گذاری داده های آنفلوانزای پرندگان (GISAID) نمونه ای از یکی از این پایگاه های داده است. دانشمندان GISAID را در سال 2008 راه اندازی کردند تا راهی سریع و آسان برای مشاهده گونه های آنفولانزا در سراسر جهان ارائه دهند. از آن زمان، GISAID رشد کرده و می چرخد ​​تا دسترسی به توالی های ژنومی SARS-CoV-2 را فراهم کند.

پایگاه داده اطلاعات ژنتیکی نمونه را با سایر نمونه های جمع آوری شده مقایسه می کند و نشان می دهد که چگونه این سویه خاص توسعه یافته است. تا به امروز، بیش از 6.7 میلیون توالی SARS-CoV-2 از 241 کشور و منطقه در GISAID آپلود شده است.

در مجموع، این ترکیبی از داده‌های رصدی ژنومی تصویری از انواع رایج در حال گردش در ایالات متحده ارائه می‌کند. به عنوان مثال، در 4 دسامبر 2021، CDC پیش بینی کرد که omicron 0.6٪ از موارد COVID-19 در ایالات متحده را تشکیل می دهد. این نسبت تا 1 ژانویه 2022 به 95 درصد افزایش یافت. این مشاهدات هشداری قطعی در مورد سرعت غالب شدن این گزینه داد و به محققان این امکان را داد تا بررسی کنند که کدام اقدامات متقابل بهتر عمل می کند.

با این حال، توجه به این نکته مهم است که داده‌های مشاهدات ژنومی اغلب دارای تاریخ هستند. فاصله زمانی بین بیمار که آزمایش کووید-19 را انجام می دهد و توالی ژنوم ویروسی که باید در GISAID آپلود شود می تواند چند روز یا حتی هفته ها باشد. با توجه به مراحل زیاد در این فرآیند، میانگین زمان از جمع آوری تا GISAID در ایالات متحده از هفت روز (کانزاس) تا 27 روز (آلاسکا) متغیر است. CDC از روش های آماری برای تخمین نسبت گزینه ها برای گذشته اخیر تا زمانی که داده های رسمی در دسترس است استفاده می کند.

چند نمونه کووید-19 توالی یابی شده است؟

پیش از این در سال 2021، CDC و سایر آزمایشگاه های بهداشت عمومی در مجموع حدود 10000 نمونه کووید-19 در هفته را توالی یابی کردند. با توجه به اینکه صدها هزار مورد در اکثر موارد همه‌گیری در هفته تشخیص داده می‌شوند، اپیدمیولوژیست‌ها معتقدند که این تعداد برای ارائه تصویر کاملی از سویه‌های در گردش بسیار کم است. اخیراً، CDC و آزمایشگاه های بهداشت عمومی نزدیک به 60000 مورد در هفته را توالی یابی کرده اند.

با این حال، هنوز تفاوت زیادی در درصد موارد COVID-19 وجود دارد که از ایالتی به ایالتی دیگر رتبه بندی شده اند، از پایین ترین میزان 0.19٪ در اوکلاهما تا حداکثر 10.0٪ در داکوتای شمالی در 30 روز گذشته.

علاوه بر این، ایالات متحده به طور کلی درصد بسیار کمتری از موارد COVID-19 را نسبت به سایر کشورها دارد: 2.3٪ در ایالات متحده در مقایسه با 7.0٪ در بریتانیا، 14.8٪ در نیوزیلند و 17٪ در اسرائیل. .

کدام آزمایشات برای COVID-19 رتبه بندی می شوند؟

تصور کنید که محققان آزمایش‌های COVID-19 را فقط از یک محله در سراسر ایالت جمع‌آوری کنند. داده‌های نظارتی به سمت گزینه‌ای که در این محله در گردش است، سوگیری دارد، زیرا مردم احتمالاً همان فشار را به صورت محلی منتقل می‌کنند. حتی ممکن است این سیستم گزینه دیگری را که در شهر دیگری در حال افزایش است ثبت نکند.

به همین دلیل است که دانشمندان به دنبال جمع آوری نمونه های متنوع از سراسر منطقه هستند. نمونه‌گیری تصادفی از نظر جغرافیایی و جمعیتی به محققان درک خوبی از تصویر کلی در مورد اینکه کدام گزینه رایج است یا در حال کاهش است، می‌دهد.

چرا بیماران در ایالات متحده نتایج متفاوتی دریافت نمی کنند؟

دلایل متعددی وجود دارد که چرا بیماران به طور کلی از نتایج در صورت توالی یابی نمونه خود بی اطلاع هستند.

اولاً، تأخیر از نمونه‌برداری تا نتایج توالی اغلب بسیار طولانی است تا اطلاعات از نظر بالینی مفید باشد. بسیاری از بیماران تا زمانی که نوع آنها شناسایی شود، در بیماری خود بسیار پیشرفته خواهند بود.

دوم، اطلاعات اغلب به مراقبت از بیمار بی ربط است. گزینه های درمانی تا حد زیادی یکسان هستند، صرف نظر از اینکه کدام نوع باعث عفونت COVID-19 شده است. در برخی موارد، پزشک ممکن است بر اساس گزینه بیمار، مناسب ترین آنتی بادی های مونوکلونال را برای درمان انتخاب کند، اما این اطلاعات اغلب می تواند از روش های آزمایشگاهی سریعتر به دست آید.

وقتی سال 2022 را آغاز می کنیم، داشتن یک برنامه پایش ژنومی پایدار که بتواند هر نوع جدید کروناویروس را بگیرد، مهم تر از همیشه است. این یک سیستم ایده آل است که تصویری نماینده از گزینه های فعلی و اجرای سریع ارائه می دهد. سرمایه گذاری مناسب در نظارت ژنومی برای SARS-CoV-2 و سایر پاتوژن ها و زیرساخت های داده به ایالات متحده کمک می کند تا با امواج آینده کووید-19 و سایر بیماری های عفونی مبارزه کند.

الکساندر ساندرمن، هماهنگ کننده تحقیقات بالینی و دکترای اپیدمیولوژی، علوم بهداشت، دانشگاه پیتسبورگ و لی هریسون، استاد اپیدمیولوژی، پزشکی و بیماری های عفونی و میکروبیولوژی، علوم بهداشت، دانشگاه پیتسبورگ

این مقاله توسط The Conversation با مجوز Creative Commons بازنشر شده است.

[ad_2]

https://20khababr.ir
https://afkharebartar.ir
https://akhabarebartar.ir
https://andnews.ir
https://avatefepak.ir
https://baranmajale.ir
https://behtaringam.ir
https://daltek.ir
https://elmitarin.ir
https://fardayeashena.ir
https://forbos.ir
https://foxirani.ir
https://gisoon.ir
https://hodhodirani.ir
https://iranisard.ir
https://kahkashani.ir
https://lasttimes.ir
https://lilaki.ir
https://livejame.ir
https://magirani.ir
https://majaleiranian.ir
https://mervina.ir
https://mineralnews.ir
https://modirezard.ir
https://momon.ir
https://moniseh.ir
https://nationaliran.ir
https://netcrafti.ir
https://news-single.ir
https://newsexpress.ir
https://newslife.ir
https://newsspot.ir
https://newsteen.ir
https://nikmag.ir
https://officemag.ir
https://okaziyon.ir
https://one-news.ir
https://pandamag.ir
https://parsroids.ir
https://patris-fun.ir
https://senatornews.ir
https://seratmag.ir
https://sibala.ir
https://sohanian.ir
https://sosokan.ir
https://tazekhabari.ir
https://technoirani.ir
https://timesirani.ir
https://yamorani.ir
https://yandexkhabari.ir
https://abdoosnews.ir
https://zehnenoandinsh.ir
https://abestanews.ir
https://abtinnews.ir
https://akhbarebartaaar.ir
https://akhbaremaaaa.ir
https://akhbareshomaaa.ir
https://akhshijnews.ir
https://atrinnews.ir
https://atroticnews.ir
https://atshnews.ir
https://bashariatemrooz.ir
https://dastesalamatt.ir
https://dostemansalam.ir
https://elementorsite.ir
https://emrooztafahom.ir
https://ensanedirooooooz.ir
https://etelaresankhabar.ir
https://examplenews.ir
https://fardaalefba.ir
https://gisooyekhabar.ir
https://halohekayatha.ir
https://hashtadonoh.ir
https://hekayatfardayeemaaa.ir
https://honarmandkhabar.ir
https://istgaheshomareyek.ir
https://ketabkhoooon.ir
https://kimyagaaaar.ir
https://markazeakhbar.ir
https://masternewss.ir
https://mohamadrezasite.ir
https://morvarideasia.ir
https://mramins.ir
https://naserinews.ir
https://nasermr.ir
https://newsamins.ir
https://newsatropat.ir
https://newscenterals.ir
https://newsmineral.ir
https://newsouls.ir
https://newspishgamannn.ir
https://newssalam.ir
https://newsshans.ir
https://newsworlds.ir
https://parinews.ir
https://patris-music.ir
https://poshtibannews.ir
https://powernewss.ir
https://recordejadid.ir
https://salamnewws.ir
https://23ncfst.ir/
https://amiran-carpet.ir/
https://armanenergytec.ir/
https://blogenews.ir/
https://blogkhoon.ir/
https://bvfars.ir/
https://charsounews.ir/
https://chsnews.ir/
https://dezfil.ir/
https://dmwebmaster.ir/
https://dota2news.ir/
https://erfanhd.ir/
https://etminan110.ir/
https://faratarazkhabar.ir/
https://farsgardi20.ir/
https://footynews.ir/
https://goto98.ir/
https://ilyarkhabar.ir/
https://ir2khabar.ir/
https://iranalmanac.ir/
https://irandaryafest.ir/
https://khabarehaft.ir/
https://khabarontime.ir/
https://lolsms.ir/
https://maadgig.ir/
https://masoudtb.ir/
https://mp3news.ir/
https://music-ha.ir/
https://nakhlestankhabar.ir/
https://newcharge.ir/
https://news-links.ir/
https://news180.ir/
https://pimn.ir/
https://prmf.ir/
https://pvnews.ir/
https://rejawnews.ir/
https://sahab-co.ir/
https://samanbarg.ir/
https://semanews.ir/
https://shirinonews.ir/
https://soheilesonghor.ir/
https://tacity.ir/
https://taktanews.ir/
https://tarabaranmag.ir/
https://telegram-persian.ir/
https://tfcenter.ir/
https://trika.ir/
https://velninews.ir/
https://vidnaz.ir/
https://wajnews.ir/
https://your-news.ir/
https://zangannews.ir/
https://2016downloadnew.ir/
https://paxsolomusic.ir/
https://daryamedia.ir/
https://andikakhabar.ir/
https://seo-pbn.ir/
https://ghezelwich.ir
https://panaztebtabriz.ir
https://shayna-net.ir
https://kanooneslamshahr.ir
https://raynuts.ir
https://honare2.ir
https://itsama.ir
https://flingpet.ir
https://foreverpro.ir
https://fraeesi.ir
https://gkhabar.ir
https://18amlak.ir
https://pooyesh-khabar.ir
https://matsef.ir
https://photo-land.ir
https://tabarestan118.ir
https://disachain.ir
https://chikaapp.ir
https://mahestan18.ir
https://radyaabkala.ir
https://c-civil.ir
https://saeeed.ir
https://copytops.ir
https://modirsearch.ir
https://shz1music.ir
https://m-khosravi.ir
https://iranhayashi.ir
https://iranian-dress.ir
https://gigblog.ir
https://basitcg.ir
https://mashhadhekmat.ir
https://rahetamin.ir
https://radolyamani.ir
https://bnemati.ir
https://face-wood.ir
https://tourvare.ir
https://centertasisat.ir
https://bidarirafsanjan.ir
https://namahaa.ir
https://30pp.ir
https://script-tabadol-link.ir
https://simayesarbedar.ir
https://pakdashtiha.ir
https://rentacars.ir
https://2019movies.ir
https://ekar24.ir
https://saber-ramezani.ir
https://teb-saharsina.ir

ایندکسر

hacklink al hd film izle php shell indir siber güvenlik türkçe anime izle Fethiye Escort Fethiye Escort Marmaris Escort fud crypter Wonmaniakuşadası escortbetroadmobil ödeme bozdur